¿Qué provocó dicha guerra en el gobierno cubano?

El final de la crisis constituyó un paso de avance hacia el fin de la guerra fría. Sin embargo para el gobierno de Cuba resulto un hecho frustrante, pues no tuvo en cuenta sus condiciones para la retirada de los cohetes ni se incluyó a Castro como firmante del pacto. Por un tiempo las relaciones de la Habana y Moscú se agriaron a causa de esta exclusión. Fidel Castro no sólo le dio un frío recibimiento a Anastas Mikoyan, encargado de relaciones exteriores de la URSS, cuando este visitó Cuba poco después de la crisis, sino que respondió a la política soviética de distensión con la incentivación de grupos armados en toda América Latina, y en diversos países de Africa. La Habana condenó la política reformista de los Partidos Comunistas mucho de los cuales se fragmentaron en grupos de "prosoviéticos" y "procastristas". Estas divergencias se extendieron hasta principios de los de los setenta. Cuba inició realmente la mejoría sus relaciones con la URSS a partir de dos hechos, la muerte de Guevara en Bolivia (1967) y la defensa pública hecha por Castro de la entrada de los tanques soviéticos en Praga (1968). Dentro del exilio cubano en EUA, el pacto Kennedy-Krushchev, tampoco resultó muy bien recibido, pues aquel acuerdo se interpretó como la entrega oficial de Cuba al imperialismo soviético.